Zakład Ochrony Wód i Gospodarki Wodami prowadzi badania naukowe limnologiczne i technologiczne, dotyczące:

• oceny stanu jakości wód ekosystemów potamicznych i limnicznych w warunkach silnej antropopresji, z punktu widzenia ich ochrony i rekultywacji. W szczególności pod kątem współzależności pomiędzy stężeniem specjacyjnych form fosforu i wybranych metali a strukturą granulometryczną osadów dennych w antropogenicznych ekosystemach limnicznych,
• problemu skażenia środowiska wodnego mikroplastikami, w szczególności pod kątem opracowania metod analitycznych oznaczania wybranych substancji wskaźnikowych do wykrywania tworzyw sztucznych w środowisku wodnym.
• oceny ryzyka ekologicznego wynikającego z obecności specjacyjnych form metali i metaloidów w środowisku wodnym, w tym w osadach ściekowych, w warunkach antropopresji zróżnicowanej